Clima

En la Región hay cuatro tipos de clima: templado, semifrío, semicálido y cálido.

El clima templado domina la mayor parte centro-norte de la Región, 

 La temperatura más elevada se manifiesta antes del solsticio de verano. El clima semifrío, subhúmedo está presente sólo en las partes más altas de la Sierra; valores térmicos extremosos entre 7º y 14° C. 

La temperatura media anual es de 18º C y oscila entre los 9.4º y 24.5º C. 

Las lluvias más abundantes acontecen en los meses de junio a septiembre, temporada en la cual suelen presentarse inundaciones en algunos sitios de los valles. Las lluvias finalizan, normalmente, en la primera quincena de octubre.

Flora y fauna

podemos encontrar en esta región una gran cantidad de árboles frutales como:

 ciruelo, capire (zapote), guayabo, arrayán, guácima o cuauholotl, guamuchil, guaje, mamey, nanche, chicozapote, ciruelo, naranjo, lima, membrillo, aguacate, mango, durazno y zapote prieto.

En plantas hay: palmas o zoyates, platanillos, cañutillo, moco de guajolote, flor de carnaval, nahuiteputl o capitanaje, capulincillo, malvavisco y achiotl.
Flores de ornato: gladiola, rosas, pascua, clavel, pensamiento, violeta, nomeolvides, margarita, flor de paraíso, dalia, geranio, tulipán, azucena, margaritón, nardo, lirio, balsamina, bugambilia, orquídea, novia del sol, alcatraz, malvón, perrito, petunia, espuela, crisantemo, cempasúchitl, girasol, sempiterna, clavellina, nube y floripondia.

Mamíferos como conejo castellano y de monte, ardillas grises, rojas y negras, ardillón, topos, ratas y ratones de los volcanes, comadreja, zorrillos, cacomixtle, zorra, liebre, hurón, murciélago, tejones, venado,

Entre los anfibios y reptiles se mencionan salamandra, lagartija, culebra y víboras de cascabel.
De grupo de las aves habitan los carpinteros, güilotas, paloma llorona, trepadores, colibrí, azulejo, tordo, búho, codorniz, gallina de monte, así como algunas depredadoras como la gallina de cola roja, ceceto, gavilán, zopilote y cuervo.

Hidrografía

Se encuentra dentro de la Cuenca del Río Balsas constituida por 5,458 embalses, pertenece a una de las regiones hidrológicas más importantes del país, tanto por su extensión como por el volumen de sus corrientes superficiales en donde se ubica la cuenca del Río Cutzamala.

El Salto, Barranca Honda, Tiloxtoc como principal aportador del Río Balsas Los Hoyos, Agua Grande, La Asunción, El Molino, El Crustel, Los Gavilanes, Capilla Vieja, Amanalco de Becerra, Las Flores, Río Chiquito, Los Saucos y Piñas Altas. En el municipio existen tres presas que son: Tiloxtoc, Colorines y Valle de Bravo. 

Esta última presa tiene una extensión de 21 kilómetros cuadrados y forma parte del Sistema Hidroeléctrico "Miguel Alemán", pero solo una parte es del municipio y la otra se disputa entre Amanalco y Donato Guerra, que proveía de energía eléctrica al centro de la República, actualmente pertenece a la Comisión de Aguas del Valle de México y se utiliza para abastecer de agua potable a la zona metropolitana de la ciudad de México.